萧何回到家中，心中百感交集，依计派出一名心腹，打扮成军人模样，偷偷绕到北边转了一圈，回来故意称是皇上派来报信的，说陈稀已全军覆没，皇上就要凯旋回朝。众臣听到捷报，都来宫中贺喜，只有韩信称病不出。第二天，萧何就派人请韩信到相府赴宴，谁知韩信自称有病，婉言谢绝了。于是，萧何便亲自来到韩信府上，以探病为由，直接进入韩信的内室。韩信见萧何已经来了，再也无法推托，只得与萧何寒暄一番。萧何说：“我和你向来是好朋友，请你去赴宴，是有话对你说。”韩信忙问有什么话。萧何说：“这几天皇上从赵地发来捷报，说征讨大军大获全胜，陈稀已经逃至匈奴。你称有病不上朝，已经引起人们的怀疑了。现在皇上打了胜仗，大家都去朝贺，你不去，这样恐怕不好吧。”萧何说的很有道理，韩信才勉为其难。何况萧何是他原保之人，更是深信不疑，便跟着萧何来到长乐殿向吕后道贺。岂不知宫里早已埋伏着刀斧手，吕后一见韩信中计。喝令刀斧手将韩信绑翻在地。韩信见事不妙，急忙呼叫：“萧丞相快来救我!”哪知萧何早已避开，哪里还呼喊得应？吕后坐在长乐殿上，尽数了韩信如何与陈稀暗约谋反，如何欲害她和太子等罪，也不容韩信申辩，便令刀斧手把他拖到殿旁钟室中杀死。随后，吕后又下令将韩信的父、母、妻三族一股脑捕杀净尽。
萧何辅助吕后，诛杀韩信，很符合汉帝“固根基”的方略，是为刘邦除去了一块心病。刘邦对萧何更加恩宠，加封五千户。这就是后来人们常说的“成也萧何，败也萧何”一语的由来。
自污名节以释君疑
萧何计诛韩信后，刘邦对他更加恩宠，除对萧何加封外，还派了一名都尉率500名兵士作相国的护卫，真是封邑进爵，圣眷日隆。众宾客纷纷道贺，喜气盈庭。萧何也非常高兴。这天，萧何在府中摆酒席庆贺，喜气洋洋。突然有一个名叫召平的门客，却身着素衣白履，昂然进来吊丧。萧何见状大怒道：“你喝醉了吗？”
这位名叫召平的人，原是秦朝的东陵侯。秦亡后隐居郭外家中种瓜，味极甘美，时人故号东陵瓜。萧何入关，闻知贤名，招至幕下，每有行事，便找他计议，获益匪浅。今天，他见萧何仍未领会他的意思，便说：“公勿喜乐，从此后患无穷矣！”萧何不解，问道：“我进位丞相，宠眷逾分，且我遇事小心谨慎，未敢稍有疏虞，君何出此言？”召平说道：“主上南征北伐，亲冒矢石。而公安居都中，不与战阵，反得加封食邑，我揣度主上之意，恐在疑公。公不见淮阴侯韩信的下场吗？”萧何一听，恍然大悟，猛然惊出一身冷汗。第二天早晨，萧何便急匆匆入朝面圣，力辞封邑，并拿出许多家财，拨入国库，移作军需。汉帝刘邦十分高兴，奖励有加。
刘邦亲自率兵征讨。他身在前方，每次萧何派人输送军粮到前方时，刘邦都要问：“萧相国在长安做什么？”使者回答，萧相国爱民如子，除办军需以外，无非是做些安抚、体恤百姓的事。刘邦听后，总是默不作声。来使回报萧何，萧何亦未识汉帝何意。一日，萧何偶尔问及门客，一门客说：“公不久要满门抄斩了。”萧何大骇，忙问其故。那门客接着说：“公位到百官之首，还有什么职位可以再封给你呢？况且您一入关就深得百姓的爱戴，到现在已经十多年了，百姓都拥护您，您还再想尽方法为民办事，以此安抚百姓。现在皇上所以几次问您的起居动向，就是害怕您借助关中的民望有什么不轨行动啊!试想，一旦您乘虚号召，闭关自守，岂非将皇上置于进不能战，退无可归的境地？如今您何不贱价强买民间田宅，故意让百姓骂您、怨恨您，制造些坏名声，这样皇上一看您也不得民心了，才会对您放心。”萧何长叹一声，说：“我怎么能去剥削百姓，做贪官污吏呢！”门客说：“您真是对别人明白，对自己糊涂啊!”
萧何何尝不明白，对于一般的小官吏，汉帝并不怕他们有野心。所以一有贪赃枉法行为，必遭严惩。对于自己这样的大臣，汉帝主要是防止他们有野心，对于贪赃枉法那些小事，反不足轻重了。为了释去主上的疑忌，保全自己，萧何不得已违心地做些侵夺民间财物的坏事来自污名节。不久，萧何的所作所为就被人密报给了刘邦。果然，刘邦听后，像没有发生什么事一样，并不查问。当刘邦从前线凯旋归来时，百姓拦路上书，控告萧相国强夺、贱买民间田宅，价值数千万。
刘邦回到长安后，萧何去见他时，刘邦笑着把百姓的上书交给萧何，意味深长地说：“你身为相国，竟然也和百姓争利！你就是这样“利民”啊？你自己向百姓谢罪去吧!”刘邦表面上让萧何向百姓认错，补偿田价，可内心里却暗自高兴，对萧何的怀疑也逐渐消失。镇国家、抚百姓的萧何，违心地干了侵害百姓利益的事情，心中很不安，总想找机会补偿百姓。不久，萧何看到长安一带耕地狭小，百姓缺衣少食，可是天子的上林苑中却有许多闲着的荒地用来放养禽兽。萧何觉得太浪费了，便上奏请皇上把这些荒地分给百姓去耕种，收了庄稼留下禾杆照样可以供养禽兽。汉帝刘邦当时正在病中，见此奏章，又恨萧何取悦于民，一怒之下，下令将萧何逮捕入狱。满朝文武以为萧何必犯了大逆不道之罪，怕连累自己，都不敢替他申辩。幸亏有一个名叫王卫尉的人，平日素敬萧何的为人，在侍卫刘邦时顺便向刘邦探问：“萧相国犯了什么大罪？”刘邦余怒未消，道：“休要提他？提起他朕就生气。当年李斯为秦相时，做了好事都归君主，出了差错就揽在自己身上。现在萧何受了商人的许多贿赂，竟要求我开放上林苑给百姓耕种，这分明是想取悦于民，自己得个好名声吗？不知道把我看成是什么样的君主了！”王卫尉闻言奏道：“陛下未免错疑丞相了。臣闻百姓足，君孰与不足，相国为民兴利，化无益为有益，正是丞相调和鼎鼐应做的职务。民间百姓感激，断不会感激丞相一人，因为有这样的良相，必是贤明之君主选用的。还有一层，丞相如有野心，当年陛下在外征战数年，他那时候不费吹灰之力便可坐据关中，何至反以区区御苑，示好百姓，而去收买人心呢？”王卫尉见汉帝认真在听，顿了一下，继续说道：“前秦灭亡，正因君臣猜忌，才给了陛下机会。陛下若疑忌萧丞相，不但浅视了萧何，也看轻了陛下自己呀。”刘邦听了，心里虽然不大高兴，但想想王卫尉的话毕竟有些道理，于是挥挥手，当天就命人放了萧何。
开恩释放谨慎恭敬
萧何当时已是60多岁的老人了，见刘邦开恩释放了他，更是诚惶诚恐，谨慎恭敬。虽然因为全身带上刑具，害得他手足麻木，连路都快走不动了，而且蓬头赤足，污秽不堪，但又不敢回府沐浴再朝拜天子，只得这样上殿谢恩。刘邦见萧何如此狼狈，也觉得有些过意不去，便安抚萧何道：“相国不必多礼!这次的事，原是相国为民请愿，我不允许。我不过是夏桀、商纣那样的无道天子罢了，而你却是个贤德的丞相。我之所以关押相国，就是要让百姓知道你的贤能和我的过失啊！”刘邦的这段话虽然言不由衷，但对萧何的廉政为民，终于还是默认了。从此以后，萧何对刘邦更是诚惶诚恐，恭谨有加了。刘邦也照例以礼相待，但萧何从此对国事就只能保持沉默了。
鞠躬尽瘁死而后已
汉十二年（公元前195年）四月二十五日，汉高祖刘邦病逝于长乐宫，享年62岁。同年，太子刘盈即位，是为惠帝。萧何继任丞相。不过这时，萧何年事已高。这期间，萧何在“约法三章”的基础上，参照秦法，摘取其中合乎当时社会情况的内容，制定了律法共九章。这是汉朝制作律令的开端。萧何制定的汉律九章，删除了秦法的苛繁、严酷，使法令更为明简。公元前193年，年迈的相国萧何，由于常年为汉室操劳，终于卧病不起。病危之际，汉惠帝亲自前往探望，并趁机询问：“丞相百年之后，谁可代之？”接着惠帝又问：“曹参如何？”萧何听了，竟挣扎起病体，向惠帝叩头，道：“陛下能得到曹参为相，我萧何即使死了，也没有什么遗恨了!”谥文终侯。娶妻同氏，封一品夫人，生子二，长子萧禄，次子萧延。
萧何死后，曹参继任丞相，一切公务悉照旧章，照例而行，清静治民，乐在其中。长此以往，一些朝臣便在惠帝面前参奏他因循苟且，惠帝也疑心他倚老卖老，便召见曹参问其缘故。曹参反问惠帝道：“陛下自思圣叨英武，能及先帝吗？”惠帝被问得涨红了脸，答道：“朕年未成冠，且无阅历，如何及得先帝！”曹参又问：“陛下视臣及得萧丞相吗？”“朕看来似乎也不能及。”惠帝答道。“陛下说的正是!伏思先帝以布衣起家，南征北讨，方有天下。若非大智慧，大勇毅，焉能至此。萧丞相明订法令，中具规模，行之已久，万民称颂。今陛下用臣为相，只要能够奉公守法，遵照旧章，能继旧业，已属幸事。若自作聪明；推翻成法，必致上下紊乱，恐欲再求今日之太平，已无可得矣！”惠帝恍然大悟。这就是成语“萧规曹随”的来历。就这样，曹参位相3年，极力主张清静无为不扰民，遵照.萧何制定好的法规治理国家，使西汉政治稳定、经济发展，人民生活日渐提高。
汉王五年，已经杀死了项羽，平定了天下，论功行赏，群臣争功，过了一年多也评定不下来。高祖因为萧何功劳最大，把他封为酇侯，得到的领地最多。功臣们都说：“我们亲自身披铠甲，手执兵器，多的打过一百多次仗，少的也经历了几十次战斗，攻城野战，夺取地盘，功劳有大有小。现在萧何没有汗马之劳，只是靠文字写作，提点建议，不参加作战，反而比我们得的封地多，这是为什么？”高祖说：“各位知道打猎吗？”大家说：“知道。”高祖说：“知道猎狗的作用吗？”大家说：“知道。”高祖说：“打猎的时候，追赶捕杀野兽兔子靠的是狗，但发现野兽踪迹，向狗指示野兽所在之处的却是人。现在你们各位只能捉到奔跑着的野兽，功劳的性质和猎狗相当，至于萧何，他能发现踪迹，指示方向，功劳的性质和猎人相当。况且你们只是自己跟随着我，多的一家有两三个人。现在萧何全家族几十个人都跟着我，他的功绩是不能忘掉的。”大家都没有人敢说话了。
列侯们全都接受了封赏，在排列他们地位的先后时，大家都说：“平阳侯曹参身上负过七十处伤，攻城野战，夺取地盘，功劳最多，应当排第一。”高祖已经对功臣们力排众议，多封给了萧何领地，到排列地位先后时，没有理由再驳倒他们，但心里还是想排萧何为第一。关内侯鄂千秋上前说：“大家的意见都不对。曹参虽然有攻城野战夺取地盘的功劳，这只是暂时得利的事情。皇上和楚国对抗五年，经常损失军队，几次只身逃走，但萧何经常从关中派军队前往皇上所在的地方补充，没有皇上的命令征调，却多次有几万军队在皇上兵力匮乏时到来。楚、汉双方在荥阳对峙了好几年，军队没有现成的粮食，萧何在关中通过水路和陆路运送，供给粮食，不使前线缺粮。皇上虽然多次失去了崤山以东地区，萧何经常保全关中等候着皇上，这是千秋万代的功业。现在即使少了曹参这样的人几百个，对汉朝来讲有什么损失？汉朝有了他们，也不一定就非靠他们才能成功。怎么能让一时的功绩凌驾于千秋万代的功绩之上呢？萧何应当排第一，曹参排第二。”高祖说：“对。”于是便让萧何排第一，容许他带着剑穿着鞋上殿，拜见皇帝时可以不快步行走。
高祖说：“我听说推举贤人应该受重赏。萧何功劳虽然高，由于有了鄂君的评说，大家才更加认识清楚。”于是就在鄂千秋原来享有的关内侯封地的基础上封他为安平侯。这天，高祖对萧何的父子兄弟十几个人都予以封赏，每人都有封地。又给萧何加封了两千户领地，因为高祖以前到咸阳服徭役时，只有萧何送自己的礼钱比别人多了两枚。
汉高祖十一年，陈豨造反，高祖亲自率兵到邯郸镇压，叛乱还没有平息，淮阴侯韩信在关中谋反，吕后采纳了萧何的计谋，诛杀了韩信，详细情况记载在《淮阴侯列传》中。高祖听到韩信被诛杀的消息后，派使者任命丞相萧何为相国，加封给他五千户领地，命令一名都尉率领五百士兵作为相国的卫队。人们都向萧何庆贺，只有召平来向他表示哀吊。召平是原来秦国的东陵侯，秦朝灭亡后，他成为平民，家里贫穷，在长安城东种瓜，他的瓜很甜美，所以民间称为“东陵瓜”，是根据召平而得名的。召平对萧何说：“灾祸从此要降临了。皇上在外风餐露露宿，你在朝廷留守，没有冒着矢石去作战，却加封给你领地，又为你设立卫队，这是因为淮阴侯刚在京城谋反，皇上对你也不放心了。他设立卫队保护你，并不是要用这种方式来给你增加荣耀。希望你让出封地不要接受，把全部私有财产都拿出来赞助军费，皇上心里就高兴了。”萧何听从了他的建议，高祖这才非常高兴了。
高祖十二年秋天，黥布造反，高祖亲自率兵去镇压，多次派使者回来问相国在做些什么。萧何因为高祖在军队中，便像平息陈豨叛乱时一样，安抚勉励百姓，拿出所有的财物供应军需。有个客人对他说：“你被灭族的时间不会很长了。你的地位是相国，功劳第一，还能再给你加官晋级吗？而你从刚入关中起就得到百姓的拥护，十多年了，百姓都归附你，你却还在努力地得百姓的好感。皇上多次派人来问你的情况，是怕你颠覆关中。你现在为什么不多买田地，用低的价钱强行向人赊借，用这些方法毁坏自己的名誉，皇上才能对你放心。”萧何便听从了他的主意，高祖这才十分高兴起来。
高祖结束了讨伐黥布的战事回来，百姓们拦路上书告状，说相国用低价强行购买百姓的土地房屋，价值几千万钱。高祖到达长安，萧何前去拜见，高祖笑着说：“堂堂的相国居然向百姓渔利。”他把百姓的揭发信全都给了萧何，对他说：“你自己去向百姓认错吧。”萧何便为百姓请求说：“长安地方狭小，上林苑中有很多空地，希望能允许百姓进去耕种，不要让他们收走秸杆，留下来作为禽兽的饲料。”高祖非常生气地说：“相国接受了商人的很多财物，倒来为他们向我要上林苑！”便把萧何交给廷尉关押起来，给他戴上了镣铐。过了几天，有个姓王的卫尉陪着高祖，他上前问高祖说：“萧相国犯了什么大罪？皇上怎么突然把他关起来了？”高祖说：“我听说李斯辅佐秦始皇时，有好事便归功于皇帝，有过失就自己承担责任。现在相国拿了商贩们的钱，却为百姓向我要上林苑，用这个办法讨好百姓，所以我把他关起来治罪。”王卫尉说：“在职责范围内的事，如果对百姓有利，相国向皇上请求，这真是宰相应该办的事，皇上怎么能怀疑相国是因为接受了商人的钱呢？况且皇上抗击楚国好几年，陈豨和黥布造反，皇上亲自率兵去平息，在当时，萧相国留守关中，只要动一下手脚，函谷关以西就不属于皇上所有了。萧相国不在这时候给自己谋利，现在反而会贪图商人的钱吗？并且秦朝皇帝因为听不到人们议论自己的过失而失去了江山，李斯为皇帝分担过错的责任，又哪值得效法呢？皇上怀疑宰相的见识为什么这样短浅呢？”高祖听了，心中不高兴，这天，他派使者拿着符节放出了萧何。萧况年老，一向恭敬谨慎，光着脚向高祖陪罪。高祖说：“相国不必这样，您为百姓请求上林苑，我不答应，我不过是像桀、纣一样的君主，而相国是贤明的宰相。我故意将您关起来，是为了让百姓知道我的过错。”
萧何一向和曹参不好，在他病重时，孝惠帝亲自去探望他的病情，顺便问他：“您如果百岁以后，谁可以接替您的职位呢？”他回答说：“没有人比君主更了解大臣的。”孝惠帝说：“您看曹参怎么样？”萧何叩着头说：“皇上找到合适的人选了。我死了也不遗憾了。”
萧何购置土地房屋总是选在偏僻的地方，建造住宅不修围墙等，对人说：“后代人如果好，就效法我的简朴，如果不成器，这种房屋也不会被有权势的人家夺去。”孝惠帝二年，相国萧何去世，谥号为文终侯。
萧何有四代后人由于有罪而失去过世袭的爵位，每当断线时，天子总是再寻找萧何的其他后人，再封为酇侯，功臣中没有人能比得上。
太史公说：“萧何相国在秦朝时担任文笔小官，庸庸碌碌，没有突出的作为。在汉朝兴起时，他依傍了天子的光辉。萧何为汉朝谨守关中这一家底，利用百姓痛恨秦朝法令的情况，顺应潮流，和他们一起革新政治。韩信、黥布等人都已经被诛杀，萧何的功勋就显得十分显耀了。他位置处于群臣之首，声望流传后世，他的功业可以和周文王时的闳夭、散宜生等人比高低了。”