特别是1621年后，后金攻陷沈阳与辽阳，阻断了大明与朝鲜之间的通路，努尔哈赤开始以更高的姿态对朝鲜致书笼络，称“尔朝鲜以兵助明，吾知非尔意也，迫于其势有不得已。

且明曾救尔倭难，故报其恩而来耳”，对朝鲜表现出宽容，意在要求朝鲜的合作。对此，光海君与备边司（壬辰倭乱之后，备边司代替了议政府的角色）为代表的群臣起了很大的意见分歧，前者一意孤行主张顺从努尔哈赤，后者反对并主张无视努尔哈赤的信件。

最后双方各让一步，达成协商，终于暂时缓和了与后金之间的冲突。

对于1619年的战事，大明方面则派出了诏书，不但没有责怪，反而对朝鲜的支援表示感谢，并送上1万两白银安抚，至此之后，大明即使频繁送礼送银子，但凡要求增兵，光海君都执意不肯，以各种借口搪塞，使得明使空手而归。

到后来，光海君甚至将传达大明皇帝圣旨的朝鲜使臣关在汉阳城外，公然拒绝接旨，形同背弃大明。

此时光海君的外交政策可以说是从欺瞒明朝变成了公然抵抗。

备边司不齿光海君的行为，于是经常阳奉阴违，无故缺席，阻扰朝政正常运行，公然反抗光海君。1622年11月，备边司不顾光海君的抗议，强迫光海君上尊号：“建义守正彰道崇业”，“义”、“正”、“道”代表了朝鲜对大明应有的道义，借此警告光海君身为大明之臣的立场。

九日后，礼曹奏请再次上尊号，意在羞辱光海君，群臣纷纷廷请逼宫，直至多日后仁祖反正。

万历四十八年（1620年）正月，李珲上奏：“敌兵八月中攻破北关，金台吉自焚，白羊出降。铁岭之役，蒙古宰赛亦为所灭。闻其国谋议以朝鲜、北关、宰赛皆助兵南朝，今北关、宰赛皆灭，不可使朝鲜独存。

又闻设兵牛毛寨、万遮岭，欲略宽奠、镇江等处。宽奠、镇江与昌城、义州诸堡隔水相望，孤危非常。

敌若从叆阳境上鸦鹘关取路绕出凤凰城里，一日长驱，宽镇、昌城俱莫自保。内而辽左八站，外而东江一城，彼此隔断，声援阻绝，可为寒心。

望速调大兵，共为掎角，以固边防。”如前所说，在即位问题上，光海君于明朝心有不满，因此主张在尽量不得罪明朝的情况下开展灵活外交，“善殚事大之诚，勿为小弛，羁縻方张之贼，善为弥缝”。

在光海君坚持下，朝鲜致书后金，称自己臣服明朝是“大义所在，固不得不然”，而与后金的“邻好之情，亦岂无之？”，希望双方“各守封疆，相修旧好”。

其时辽镇塘报称朝鲜与后金讲和，朝鲜与后金的往来引起了明朝的警惕，明朝朝议遂谓李珲阳衡阴顺，宜遣官宣谕，或命将监护，其说纷拿。

大臣徐光启奏称：“鲜、奴之交已合”，建议派官员“监护其国”。李珲听到这种传言后自觉受到天大的冤枉，又惊又怕，连忙遣使至北京上疏“辩诬”道：“二百年忠诚事大，死生一节”。

明朝于是要求朝鲜派兵协助攻打后金。但是朝鲜军队一战即溃，光海君不得不试图与后金议和。