冬，十月，楚王玄上表请归藩，使帝作手诏固留之。又诈言钱塘临平湖开，江州甘露降，使百僚集贺，用为己受命之符。又以前世皆有隐士，耻于己时独无，求得西朝隐士安定皇甫谧六世孙希之，给其资用，使隐居山林；征为著作郎，使希之固辞不就，然后下诏旌礼，号曰高士。时人谓之“充隐。”又欲废钱用谷、帛及复肉刑，制作纷纭，志无一定，变更回复，卒无所施行。性复贪鄙，人士有法书、好画及佳园宅，必假蒲博而取之；尤爱珠玉，未尝离手。
乙卯，魏主珪立其子嗣为齐王，加位相国；绍为清河王，加征南大将军；熙为阳平王；曜为河南王。
丁巳，魏将军伊谓帅骑二万袭高车馀种袁纥、乌频；十一月，庚午，大破之。
诏楚王玄行天子礼乐，妃为王后，世子为太子。丁丑，卞范之为禅诏，使临川王宝逼帝书之。宝，晞之曾孙也。庚辰，帝临轩，遣兼太保、领司徒王谧奉玺绶，禅位于楚。壬午，帝出居永安宫。癸未，迁太庆神主于琅邪国，穆章何皇后及琅邪王德文皆徙居司徒府。百官诣姑孰劝进。十二月，庚寅朔，玄筑坛于九井山北，壬辰，即皇帝位。册文多非溥晋室，或谏之，玄曰：“揖让之文，正可陈之于下民耳，岂可欺上帝乎！”大赦，改元永始。以南康之平固县封帝为平固王，降何后为零陵县君，琅邪王德文为石阳县公，武陵王遵为彭泽县候。追尊文温为宣武皇帝，庙号太祖，南康公主为宣皇后，封子昻为豫章王。以会稽内史王愉为尚书仆射，愉子相国左长史绥为中书令。绥，桓氏之甥也。戊戌，玄入建康宫，登御坐，而床忽陷，群下失色。殷仲文曰：“将由圣德深厚，地不能载。”玄大悦。梁王珍之男臣孔朴奉珍之奔寿阳。珍之，晞之曾孙也。
戊申，燕王熙尊燕主垂之贵嫔段氏为皇太后。段氏，熙之慈母也。己酉，立苻贵嫔为皇后，大赦。
辛亥，桓玄迁帝于寻阳。
燕以卫尉悦真为青州刺史，镇新城；光大夫卫驹为并州刺史，镇凡城。
癸丑，纳桓温神主于太庙。桓玄临听讼观阅囚徒，罪无轻重，多得原放；有干舆乞者，时或恤之。其好行小惠如此。
是岁，魏主珪始命有司制冠服，以品秩为差。然法度草创，多不稽古。
元兴三年甲辰，公元四零四年春，正月，桓玄立其妻刘氏为皇后。刘氏，乔之曾孙也。玄以其祖彝以上名位不显，不复追尊立庙。散骑常侍徐广曰：“敬其父则子悦，请依故事立七庙。”玄曰：“礼，太祖东向，左昭右穆。晋立七庙，宣帝不得正东向之位，何足法也！”秘书监卞承之谓广曰：“若宗庙之祭果不及祖，有以知楚德之不长矣。”广，邈之弟也。
玄自即位，心常不自安。二月，己丑朔，夜，涛水入石头，流杀人甚多，欢哗震天。玄闻之，惧，曰：“奴辈作矣！”
玄性苛细，好自矜伐。主者奏事，或一字不体，或片辞之谬，必加纠擿，以示聪明。尚书答诏误书“春蒷为”春菟，自左丞王纳之以下，凡所关署，皆被降黜。或手注直官，或自用令史，诏令纷纭，有司奉答不暇，而纪纲不治，奏案停积，不能知也。又性好游畋，或一日数出。迁居东宫，更缮宫室，土木并兴，督迫严促，朝野骚然，思乱者众。
玄遣使加益州刺史毛璩散骑常侍、左将军。璩执留玄使，不受其命。璩，宝之孙也。玄以桓希为梁州刺史，分命诸将戍三巴以备之。璩传檄远近，列玄罪状，遣巴东太守柳约之、建平太守罗述、征虏司马甄季之击破希等，仍帅众进屯白帝。
刘裕从徐、兖二州刺史，安成王桓修入朝。玄谓王谧曰：“裕风骨不常，盖人杰也。”每游集，必引接殷勤，赠赐甚厚。玄后刘氏，有智鉴，谓玄曰：“刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐终不为人下，不如早除之。”玄曰：“我方平荡中原，非裕莫可用者；俟关、河平定，然后别议之耳。”
玄以桓弘为青州刺史，镇广陵；刁逵为豫州刺史，镇历阳。弘，修之弟；逵，彝之子也。
刘裕与何无忌同舟还京口，密谋兴复晋室。刘迈弟毅家于京口，亦与无忌谋讨玄。无忌曰：“桓氏强盛，其可图乎？”毅曰：“天下自有强弱，苟为失道，虽强易弱，正患事主难得耳。”无忌曰：“天下草泽之中非无英雄也。”毅曰：“所见唯有刘下邳。”无忌笑而不答，还以告裕，遂与毅定谋。
初，太原王元德及弟仲德为苻氏起兵攻燕主垂，不克，来奔，朝廷以元德为弘农太守。仲德见桓玄称帝，谓人曰：“自古革命诚非一族，然今之起者恐不足以成大事。”
平昌孟昶为青州主簿，桓弘使昶至建康，玄见而悦之，谓刘迈曰：“素士中得一尚书郎，卿与其州里，宁相识否？”迈素与昶不善，对曰：“臣在京口，不闻昶有异能，唯闻父子纷纷更相赠诗耳。”玄笑而止。昶闻而恨之，既还京口，裕谓昶曰：“草间当有英雄起，卿颇闻乎？”昶曰：“今日英雄有谁，正当是卿耳！”
于是裕、毅、无忌、元德、仲德、昶及裕弟道规、任城魏咏之、高平檀凭之、琅邪诸葛长民、河内太守随西辛扈兴、振威将军东莞童厚之，相与合谋起兵。道规为桓弘中兵参军，裕使毅就道规及昶于江北，共杀弘，据广陵；长民为刁逵参军，使长民杀逵，据历阳；元德、扈兴、厚之在建康，使之聚众攻玄为内应；刻期齐发。
孟昶妻周氏富于财，昶谓之曰：“刘迈毁我于桓公，使我一生沧陷，我决当作贼。卿幸早离绝，脱得富贵，相迎不晚也。”周我曰：“君父母在堂，欲建非常之谋，岂妇人所能谏！事之不成，当于奚官中奉养大家，义无归志也。”昶怅然久之而起。周氏追昶坐，曰：“观君举措，非谋及妇人者，不过欲得财物耳。”因指怀中儿示之曰：“此儿可卖，亦当不惜。”遂倾赀以给之。昶弟顗妻，周氏之从妹也，周氏绐之曰：“昨夜梦殊不祥，门内绛色物宜悉取以为厌胜。”妹信而与之，遂尽缝以为军士袍。
何无忌夜于屏风里草檄文，其母，刘牢之姊也，登榆密窥之，泣曰：“吾不及东海吕母明矣。汝能如此，吾复何恨！”问所与同谋者，曰：“刘裕。”母尤喜，因为言玄必败，举事必成之理以劝之。
乙卯，裕托以游猎，与无忌收合徒众，得百馀人。丙辰，诘旦，京口城开，无忌著传诏服，称敕使，居前，徒众随之齐入，即斩桓修以徇。修司马刁弘帅文武佐吏来赴，裕登城谓之曰：“郭江州已奉乘舆返正于寻阳，我等并被密诏，诛除逆党，今日贼玄之首已当枭枭于大航矣。诸君非大晋之臣乎？今来欲何为？”弘等信之，收众而退。
裕问无忌曰：“今急须一府主簿，何由得之？”无忌曰：“无过刘道民。”道民者，东莞刘穆之也。裕曰：“吾亦识之。”即驰信召焉。时穆之闻京口欢噪声，晨起，出陌头，属与信会。穆之直视不言者久之，既而返室，坏布裳为裦，往见裕。裕曰：“始举大义，方造艰难，须一军吏甚急，卿谓谁堪其选？”穆之曰：“贵府始建，军吏实须其才，仓猝之际，略当无见逾者。”裕笑曰：“卿能自屈，吾事济矣。”即于坐署主簿。
孟昶劝桓弘其日出猎，天未明，开门出猎人；昶与刘毅、刘道规帅壮士数十人直入，弘方啖粥，即斩之。因收众济江。裕使毅诛刁弘。
先是，裕遣同谋周安穆入建康报刘迈，迈虽酬许，意甚惶惧。安穆虑事泄，乃驰归。玄以为迈为竟陵太守，迈欲亟之郡。是夜，玄与迈书曰：“北府人情云何？卿近见刘裕何所道？”迈谓玄已知其谋，晨起，白之。玄大惊，封迈为重安侯。既而嫌迈不执安穆，使得逃去，乃杀之，悉诛元德、扈兴、厚之等。
众推刘裕为盟，总督徐州事，以孟昶为长史，守京口，檀凭之为司马。彭城人应募者，裕悉使郡主簿刘钟统之。丁巳，裕帅二州之众千七百人，军于竹里，移檄远近，声言益州刺史毛璩已定荆楚，江州刺史郭昶之奉迎主上返正于寻阳，镇北参军王元德等并帅部曲保据石头，扬武将军诸葛长尼已据历阳。