敦闻含败，大怒曰：“我兄，老婢耳！门户衰。世事去矣！”顾谓参军吕宝曰：“我当力行。”。因作势而起，困乏，复卧，乃谓其舅少府羊鉴及王应曰：“我死，应便即位，先立朝廷百官，然后营葬事。”敦寻卒，应秘不发丧，裹尸以席，蜡涂其外，埋于厅事中，与诸葛瑶等日夜纵酒淫乐。
帝使吴兴沈桢说沈充，许以为司空。充曰：“三司具瞻之重，岂吾所任！币厚言甘，古人所畏也。且丈夫共事，终始当同，岂可中道改易，人谁容我乎！”遂举兵趣建康。宗正卿虞潭以疾归会稽，闻之，起兵馀姚以讨充，帝以潭领会稽内史。前安东将军刘超、宣城内史钟雅皆起兵以讨充。义兴人周蹇杀王敦所署太守刘芳，平西将军祖约逐敦所署淮南太守任台。
沈充帅众万馀人与王含军合，司马顾飏说充曰：“今举大事，而天子已扼其咽喉，锋摧气沮，相持日久，必致祸败。今若决破栅塘，因湖水以灌京邑，乘水势，纵舟师以攻之，此上策也；藉初至之锐，并东、西军之力，十道俱进，众寡过倍，理必摧陷，中策也；转祸为福，召钱凤计事，因斩之以降，下策也。”充皆不能用，飏逃归于吴。
丁亥，刘遐、苏峻等帅精卒万人至，帝夜见，劳之，赐将士各有差。沈充、钱凤欲因北军初到疲困击之，乙未夜，充、凤从竹格渚渡淮。护军将军应詹、建威将军赵胤等拒战，不利，充、凤至宣阳门，拔栅，将战，刘遐、苏峻自南塘横击，大破之，赴水死者三千人。遐又破沈充于青溪。
寻阳太守周光闻敦举兵，帅千馀人来赴。既至，求见敦。王应辞以疾。光退曰：“今我远来而不得见，公其死乎！”遽见其兄抚曰：“王公已死，兄何为与钱凤作贼！”众皆愕然。
丙申，王含等烧营夜遁。丁酉，帝还宫，大赦，惟敦党不原。命庾亮督苏峻等追沈充于吴兴，温峤督刘遐等追王含、钱凤于江宁，分命诸将追其党与。刘遐军人颇纵虏掠，峤责之曰：“天道助顺，故王含剿绝，岂可因乱为乱也！”遐惶恐拜谢。
王含欲奔荆州，王应曰：“不如江州。”含曰：“大将军平素与江州云何，而欲归之？”应曰：“此乃所以宜归也。江州当人强盛时，能立同异，此非常人所及，今睹困厄，必有愍恻之心。荆州守文，岂能意外行事邪！”含不从，遂奔荆州。王舒遣军迎之，沉含父子于江。王彬闻应当来，密具舟以侍之；不至，深以为恨。钱凤走至阖庐洲，周光斩之，诣阙自赎。沈充走失道，误入故将吴儒家。儒诱充内重壁中，因笑谓充曰：“三千户侯矣！”充曰：“尔以义存我，我家必厚报汝。若以利杀我，我死，汝族灭矣。”儒遂杀之，传首建康。敦党悉平。充子劲当坐诛，乡人钱举匿之，得免；其后劲竟灭吴氏。
有司发王敦瘗，出尸，焚其衣冠，跽而斩之。与沈充首同悬于南桁。郗鉴言于帝曰：“前朝诛杨骏等，皆先极官刑，后听私殡。臣以为王诛加于上，私义行于下，宜听敦家收葬，于义为弘。”帝许之。司徒导等皆以讨敦功受封赏。
周抚与邓岳俱亡，周光欲资给其兄而取岳。抚怒曰：“我与伯山同亡，何不先斩我！”会岳至，抚出门遥谓之曰：“何不速去！今骨肉尚欲相危，况他人乎！”岳回舟而走，与抚共入西阳蛮中。明年，诏原敦党，抚、岳出首，得免死禁锢。
故吴内史张茂妻陆氏，倾家产，帅茂部曲为先登以讨沈充，报其夫仇。充败，陆氏诣阙上书，为茂谢不克之责；诏赠茂太仆。
有司奏：“王彬等敦之亲族，皆当除名。”诏曰：“司徒导以大义灭亲，犹将百世宥之，况彬等皆公之近亲乎！”悉无所问。
有诏：“王敦纲纪除名，参佐禁锢”温峤上疏曰：“王敦刚愎不仁，忍行杀戮，朝廷所不能制，骨肉所不能谏；处其朝者，恒惧危亡，故人士结舌，道路以目，诚贤人君子道穷数尽，遵养时晦之辰也。原其私心，岂遑晏处！如陆玩、刘胤、郭璞之徒常与臣言，备知之矣。必其赞导凶悖，自当正以典刑；如其枉陷奸党，谓宜施之宽贷。臣以玩等之诚，闻于圣听，当受同贼之责；苟默而不言，实负其心，惟陛下仁圣裁之！”郗鉴以为先王立君臣之教，贵于伏节死义。王敦佐吏，虽多逼迫，然进不能止其逆谋，退不能脱身远遁，准之前训，宜加义责。帝卒从峤议。
冬，十月，以司徒导为太保、领司徒，加殊礼，西阳王羕领太尉，应詹为江州刺史，刘遐为徐州刺史，代王邃镇淮阴，苏峻为历阳内史，加庾亮护军将军，温峤前将军。导固辞不受。应詹至江州，吏民未安，詹抚而怀之，莫不悦服。
十二月，凉州将辛晏据枹罕，不服，张骏将讨之。从事刘庆谏曰：“霸王之师，必须天时、人事相得，然后乃起。辛晏凶狂安忍，其亡可必；标何以饥年大举，盛寒攻城乎！”骏乃止。骏遣参军王骘聘于赵，赵主曜谓之曰：“贵州款诚和好，卿能保之乎？”骘曰：“不能。”侍中徐邈曰：“君来结好，而云不能保，何也？”骘曰：“齐桓贯泽之盟，忧心兢兢，诸侯不召自至；葵丘之会，振而矜之，叛者九国。赵国之化，常如今日，可也；若政教陵迟，尚未能察迩者之变，况鄙州乎！”曜曰：“此凉州之君子也，择使可谓得人矣！”厚礼而遣之。
是岁，代王贺傉始亲国政，以诸部多未服，乃筑城于东木根山，徙居之。
太宁三年乙酉、公元三二五年春，二月，张骏承元帝凶问，大临三日。会黄龙见嘉泉，汜祎等请改年以章休祥，骏不许。辛晏以枹罕降，骏复收河南之地。
赠故谯王承、甘卓、戴渊、周顗、虞望、郭璞、王澄等官。周札故吏为札讼冤，尚书卞壸议，以为：“札守石头，开门延寇，不当赠谥。”司徒导以为：“往年之事，敦奸逆未彰，自臣等有识以上，皆所未悟，与札无异；既悟其奸，札便以身许国，寻取枭夷。臣谓宜与周、戴同例。”郗鉴以为：“周、戴死节，周札延寇，事异赏均，何以劝沮！如司徒议，谓往年有识以上皆与札无异，则谯王、周、戴皆应受责，何赠谥之有！今三臣既褒，则札宜受贬明矣。”导曰：“札与谯王、周、戴，虽所见有异同，皆人臣之节也。”鉴曰：“敦之逆谋，履霜日久，缘札开门，令王师不振。若敦前者之举，义同桓、文，则先帝可为幽、厉邪！”然卒用导议，赠札卫尉。
后赵王勒加宇文乞得归官爵，使之击慕容廆。廆遣世子皝、索头、段国共击之，以辽东相裴嶷为右翼，慕容仁为左翼。乞得归据浇水以拒皝，遣兄子悉拔雄拒仁。仁击悉拔雄，斩之；乘胜与皝攻乞得归，大破之。乞得归弃军走，皝、仁进入其国城，使轻兵追乞得归，过其国三百馀里而还，尽获其国重器，畜产以百万计，民之降附者数万。