甲申，葬清河孝王于广丘，司空、宗正护丧事，仪比东海恭王。
自和帝之丧，邓骘兄弟常居禁中，骘不欲久在内，连求还第，太后许之。夏，四月，封太傅张禹、太尉徐防、司空尹勤、车骑将军邓骘，城门校尉邓悝、虎贲中郎将邓弘、黄门郎邓阊皆为列侯，食邑各万户，骘以定策功增三千户；骘及诸弟辞让不获，遂逃避使者，间关诣阙，上疏自陈，至于五六，乃许之。
五月，甲戌，以长乐卫尉鲁恭为司徒。恭上言：“旧制，立秋乃行薄刑，自永元十五年以来，改用孟夏。而刺史、太守因以盛夏征召农民，拘对考验，连滞无已。上逆时气，下伤农业。按月令‘孟夏断薄刑’者，谓其轻罪已正，不欲令久系，故时断之也。臣愚以为今孟夏之制，可从此令。其决狱案考，皆以立秋为断。”又奏：“孝章皇帝欲助三正之微，定律著令，断狱皆以冬至之前。小吏不与国同心者，率入十一月得死罪贼，不问曲直，便即格杀，虽有疑罪，不复谳正。可令大辟之科，尽冬月乃断。”朝廷皆从之。
丁丑，诏封北海王睦孙寿光侯普为北海王。
九真徼外、夜郎蛮夷，举土内属。
西域都护段禧等虽保龟兹，而道路隔塞，檄书不通。公卿议者以为“西域阻远，数有背叛，吏士屯田。其费无已。”六月，壬戌，罢西域都护，遣骑都尉王弘发关中兵，迎禧及梁慬、赵博、伊吾卢、柳中屯田吏士而还。
初，烧当羌豪东号之子麻奴随父来降，居于安定。时诸降羌布在郡县，皆为吏民豪右所徭役，积以愁怨。及王弘西迎段禧，发金城、陇西、汉阳羌数百千骑与俱，郡县迫促发遣。群羌惧远屯不还，行到酒泉，颇有散叛，诸郡各发兵邀遮，或覆其庐落；于是勒姐、当煎大豪东岸等愈惊，遂同时奔溃。麻奴兄弟因此与种人俱西出塞，先零别种，滇零与锺羌诸种大为寇掠，断陇道。时羌归附既久，无复器甲，或持竹竿木枝以代戈矛，或负板案以为榡，或执铜镜以象兵，郡县畏懦不能制，丁卯，赦除诸羌相连结谋叛逆者罪。
秋，九月，午，太尉徐防以灾异，寇贼策免。三公以灾异免，自防始。辛未，司空尹勤以水雨漂流策免。
仲长统昌言曰：光武皇帝愠数世之失权，忿强臣之窃命，矫枉过直，政不任下，虽置三公，事归台阁。自此以来，三公之职，备员而已；然政有不治，犹加谴责。而权移外戚之家，宠被近习之竖，亲其党类，用其私人，内充京师，外布列郡，颠倒贤愚，贸易选举，疲驽守境，贪残牧民，挠扰百姓，忿怒四夷，招致乖叛，乱离斯瘼，怨气并作，阴阳失和，三光亏缺，怪异数至，虫螟食稼，水旱为灾。此皆戚宦之臣所致然也，反以策让三公，至于死、免，乃足为叫呼苍天，号唃泣血者矣！又，中世之选三公也，务于清悫谨慎，循常习故者，是乃妇女之检柙，乡曲之常人耳，恶足以居斯位邪！势既如彼，选又如此，而欲望三公勋立于国家，绩加于生民，不亦远乎！昔文帝之于邓通，可谓至爱，而犹展申徒嘉之志。夫见任如此，则何患于左右小臣哉！至如近世，外戚、宦竖，请托不行，意气不满，立能陷人于不测之祸，恶可得弹正者哉！曩者任之重而责之轻，今者任之轻而责之重。光武夺三公之重，至今而加甚；不假后党以权，数世而不行；盖亲疏之势异也！今人主诚专委三公，分任责成，而在位病民，举用失贤，百姓不安，争讼不息，天地多变，人物多妖，然后可以分此罪矣！
壬午，诏：太仆、少府减黄门鼓吹以补羽林士；厩马非乘舆常所御者，皆减半食；诸所造作，非供宗庙园陵之用，皆且止。
庚寅，以太傅张禹为太尉，太常周章为司空。
大长秋郑众、中常侍蔡伦等皆秉势豫政，周章数进直言，太后不能用。初，太后以平原王胜有痼疾，而贪殇帝孩抱，养为己子，故立焉。及殇帝崩，群臣以胜疾非痼，意咸归之；太后以前不立胜，恐后为怨，乃迎帝而立之。周章以众心不附，密谋闭宫门，诛邓骘兄弟及郑众、蔡伦，劫尚书，废太后于南宫，封帝为远国王而立平原王。事觉，冬，十一月，丁亥，章自杀。
戊子，敕司隶校尉、冀、并二州刺史，“民讹言相惊，弃捐旧居，老弱相携，穷困道路。其各敕所部长吏躬亲晓喻：若欲归本郡，在所为封长檄；不欲，勿强。”
十二月，乙卯，以颍川太守张敏为司空。
诏车骑将军邓骘、征西校尉任尚将五营及诸郡兵五万人，屯汉阳以备羌。
是岁，郡国十八地震，四十一大水，二十八大风，雨雹。
鲜卑大人燕荔阳诣阙朝贺。太后赐燕荔阳王印绶、赤车、参驾，令止乌桓校尉所居宁城下，通胡市，因筑南、北两部质馆。鲜卑邑落百二十部各遗入质。
永初二年戊申，公元一零八年春，正月，邓骘至汉阳；诸郡兵未至，钟羌数千人击败骘军于冀西，杀千馀人。梁慬还，至敦煌，逆诏慬留为诸军援。慬至张掖，破诸羌万馀人，其能脱者十二三；进至姑臧，羌大豪三百余人诣慬降，并慰譬，遣还故地。
御史中丞樊准以郡国连年水旱，民多饥困，上疏：“请令太官、尚方、考功、上林池御诸官，实减无事之物；五府调省中都官吏、京师作者。又，被灾之郡，百姓凋残，恐非赈给所能胜赡，虽有其名，终无其实。可依征和元年故事，遣使持节慰安，尤困乏者徙置荆、扬孰郡。今虽有西屯之役，宜先东州之急。”太后从之。悉以公田赋与贫民，即擢准与议郎吕仓并守光禄大夫。二月，乙丑，遗准使冀州、仓使兖州禀贷，流民咸得苏息。夏，旱。五月，丙寅，皇太后幸洛阳寺及若卢狱录囚徒。洛阳有囚，实不杀人而被考自诬，羸困舆见，畏吏不敢言，将去，举头若欲自诉。太后察视觉之，即呼还问状，具得枉实。即时收洛阳令下狱抵罪。行未还宫，澍雨大降。
六月，京师及郡国四十大水，大风，雨雹。秋，七月，太白入北斗。闰月，辛丑，广川王常保薨。无子，国除。
癸未，蜀郡徼外羌举士内属。
冬，邓骘使任尚及从事中郎河内司马钧率诸郡兵，与滇零等数万人战于平襄，尚军大败，死者八千馀人，羌众遂大盛，朝廷不能制。湟中诸县，粟石万钱，百姓死亡不可胜数，而转运难剧。故左校令河南庞参先坐法输作若卢，使其子俊上书曰：“方今西州流民扰动，而征发不绝，水潦不沐，地力不复，重之以大军，疲之以远戍，农功消于转运，资财竭于征发，田畴不得垦辟，禾稼不得收入，搏手困穷，无望来秋，百姓力屈，不复堪命。臣愚以为万里运粮，远就羌戎，不若总兵养众，以待其疲。车骑将军骘宜且振旅，留征西校尉任尚，使督凉州士民转居三辅，休徭役以助其时，止烦赋以益其财，令男得耕种，女得织纴，然后畜精锐，乘懈沮，出其不意，攻其不备，则边民之仇报，奔北之耻雪矣。”书奏，会樊准上疏荐参，太后即擢参于徒中，召拜谒者，使西督三辅诸军屯。十一月，辛酉，诏邓骘还师，留任尚屯汉阳为诸军节度。遣使迎拜骘为大将军。既至，使大鸿胪亲迎，中常侍郊劳，王、主以下候望于道，宠灵显赫，光震都鄙。
滇零自称天子，于北地招集武都参狼、上郡、西河诸杂种羌断陇道，寇钞三辅，南入益州，杀汉中太守董炳。梁慬受诏当屯金城，闻羌寇三辅，即引兵赴击，转战武功、美阳间，连破走之，羌稍退散。
十二月，广汉塞外参狼羌降。
是岁，郡国十二地震。
永初三年己酉，公元一零九年春，正月，庚子，皇帝加元服，赦天下。
遣骑都尉任仁督诸郡屯兵救三辅。仁战数不利，当煎、勒姐羌攻没破羌县，锺羌攻没临洮县，执陇西南部都尉。
三月，京师大饥，民相食。壬辰，公卿诣阙谢；诏“务思变复，以助不逮。”
壬寅，司徒鲁恭罢。恭再在公位，选辟高第至列卿、郡守者数十人，而门下耆旧或不蒙荐举，至有怨望者。恭闻之，曰：“学之不讲，是吾忧也，诸生不有乡举者乎！”终无所言，亦不借之议论。学者受业，必穷核问难，道成，然后谢遣之。学者曰：“鲁公谢与议论，不可虚得。”
夏，四月，丙寅，以大鸿胪九江夏勤为司徒。
三公以国用未足，奏令吏民入钱谷得为关内侯、虎贲、羽林郎、五官、大夫、官府吏、缇骑、营士各有差。
甲申，清河愍王虎威薨，无子。五月，丙申，封乐安王宠子延平为清河王，奉孝王后。
六月，渔阳乌恒与右北平胡千馀寇代郡、上谷。
汉人韩琮随匈奴南单于入朝，既还，说南单于云：“关东水潦，人民饥饿死尽，可击也。”单于信其言，遂反。