及援讨武陵蛮，军次下隽，有两道可入：从壶头则路近而水险，从充则涂夷而运远。耿舒欲从充道，援以为弃日费粮，不如进壶头，扼其喉咽，充贼自破。以事上之，帝从援策。进营壶头，贼乘高守隘，水疾，船不得上。会暑甚，士卒多疫死，援亦中病，乃穿岸为室以避炎气。贼每升险鼓噪，援辄曳足以观之，左右哀其壮意，莫不为之流涕。耿舒与兄好畤侯弇书曰：“前舒上书当先击充，粮虽难运而兵马得用，军人数万，争欲先奋。今壶头竟不得进，大众怫郁行死，诚可痛惜！前到临乡，贼无故自致，若夜击之，即可殄灭。伏波类西域贾胡，到一处辄止，以是失利。今果疾疫，皆如舒言。”弇得书奏之，帝乃使梁松乘驿责问援，因代监军。会援卒，松因是构陷援。帝大怒，追收援新息侯印绶。初，援在交趾，常饵薏苡实，能轻身，胜障气，军还，载之一车。及卒后，有上书谮之者，以为前所载还皆明珠文犀。帝益怒。援妻孥惶惧，不敢以丧还旧茔，稿葬城西，宾客故人，莫敢吊会。严与援妻子草索相连，诣阙请罪。帝乃出松书以示之，方知所坐，上书诉冤，前后六上，辞甚哀切。
前云阳令扶风朱勃诣阙上书曰：“窃见故伏波将军马援，拔自西州，钦慕圣义，闻关险难，触冒万死，经营陇、冀，谋如涌泉，势如转规，兵动有功，师进辄克。诛锄先零，飞矢贯胫，出征交趾，与妻子生诀。间复南讨，立陷临乡，师已有业，未竟而死。吏士虽疫，援不独存。夫战或以久而立功，或以速而致败，深入未必为得，不进未必为非，人情岂乐久屯绝地不生归哉！惟援得事朝廷二十二年，北出塞漠，南度江海，触冒害气，僵死军事，名灭爵绝，国土不传，海内不知其过，众遮未闻其毁，家属杜门，葬不归墓，怨隙并兴，宗亲怖慄，死者不能自列，生者莫为之讼，臣窃伤之！夫明主醲于用赏，约于用刑，高祖尝与陈平金四万斤以间楚军，不问出入所为，岂复疑以钱谷间哉！愿下公卿，平援功罪，宜绝宜续，以厌海内之望。”帝意稍解。
初，勃年十二，能诵《诗》、《书》，常候援兄况，辞言娴雅，援裁知书，见之自失。况知其意，乃自酌酒慰援曰：“朱勃小器速成，智尽此耳，卒当从汝禀学，勿畏也。”勃未二十，右扶风清试守渭城宰。及援为将军封侯，而勃位不过县令。援后虽贵，常待以旧恩而卑侮之，勃愈身自亲。及援遇谗，唯勃能终焉。
谒者南阳宗均监援军，援既卒，军士疫死者太半，蛮亦饥困。均乃与诸将议曰：“今道远士病，不可以战，欲权承制降之，何如？”诸将皆伏地莫敢应。均曰：“夫忠臣出竟，有可以安国家，专之可也。”乃矫制调伏波司马吕种守沅陵长，命种奉诏书入虏营，告以恩信，因勒兵随其后。蛮夷震怖，冬十月，共斩其大帅而降。于是均入贼营，散其众，遣归本郡，为置长吏而还，群蛮遂平。均未至，先自劾矫制之罪。上嘉其功，迎，赐以金帛，令过家上冢。
是岁，辽西乌桓大人郝旦等率众内属，诏封乌桓渠帅为侯、王、君长者八十一人，使居塞内，布于缘边诸郡，令招来种人，给其衣食，遂为汉侦候，助击匈奴、鲜卑。时司徒掾班彪上言：“乌桓天性轻黠，好为寇贼，若久放纵而无总领者，必复掠居人，但委主降掾吏，恐非所能制。臣愚以为宜复置乌桓校尉，诚有益于附集，省国家之边虑。”帝从之，于是始复置校尉于上谷宁城，开营府，并领鲜卑赏赐、质子，岁时互市焉。
建武二十六年庚戌，公元五零年正月，诏增百官奉，其千石已上，减于西京旧制，六百石已下，增于旧秩。
初作寿陵。帝曰：“古者帝王之葬，皆陶人、瓦器、木车、茅马，使后世之人不知其处。太宗识终始之义，景帝能述遵孝道，遭天下反覆，而霸陵独完受其福，岂不美哉！今所制地不过二三顷，无为山陵陂池，裁令流水而已。使迭兴之后，与丘陇同体。”
诏遣中郎将段郴、副校尉王郁使南匈奴，立其庭，去五原西部塞八十里。使者令单于伏拜受诏，单于顾望有顷，乃伏称臣。拜讫，令译晓使者曰：“单于新立，诚惭于左右，愿使者众中无相屈折也。”诏听南单于入居云中，始置使匈奴中郎将，将兵卫护之。
夏，南单于所获北虏薁韐左贤王，将其众及南部五骨都侯合三万馀人畔归，去北庭三百馀里，自立为单于。月馀，日更相攻击，五骨都侯皆死，左贤王自杀，诸骨都侯子各拥兵自守。秋，南单于遣子入侍。诏赐单于冠带、玺绶、车马、金帛、甲兵、什器。又转河东米糽二万五千斛，牛羊三万六千头以赡给之。令中郎将将弛刑五十人，随单于所处，参辞讼，察动静。单于岁尽辄遣奉奏，送侍子入朝，汉遣谒者送前侍子还单于庭，赐单于及阏氏、左、右贤王以下缯彩合万匹，岁以为常。于是云中、五原、朔方、北地、定襄、雁门、上谷、代八郡民归于本土。遣谒者分将弛刑，补治城郭，发遣边民在中国者布还诸县，皆赐以装钱，转给粮食。时城郭丘墟，扫地更为，上乃悔前徙之。
冬，南匈奴五骨都侯子复将其众三千人归南部，北单于使骑追击，悉获其众。南单于遣兵拒之，逆战不利，于是复诏单于徙居西河美稷，因使段郴、王郁留西河拥护之，令西河长史岁将骑二千、弛刑五百人助中郎将卫护单于，冬屯夏罢，自后以为常。南单于既居西河，亦列置诸部王，助汉抜戍北地、朔方、五原、云中、定襄、雁门、代郡，皆领部众，为郡县侦逻耳目。北单于惶恐，颇还所略汉民以示善意，钞兵每到南部下，还过亭候，辄谢曰：“自击亡虏薁韐日逐耳，非敢犯汉民也。”
建武二十七年辛亥，公元五一年夏，四月，戊午，大司徒王况薨。
五月，丁丑，诏司徒、司空并去“大”名，改大司马为太尉。骠骑大将军行大司马刘隆即日罢，以太仆赵熹为太尉，大司农冯勤为司徒。
北匈奴遣使诣武威求和亲，帝召公卿廷议，不决。皇太子言曰：“南单于新附，北虏惧于见伐，故倾耳而听，争欲归义耳。今未能出兵而反交通北虏，臣恐南单于将有二心，北虏降者且不复来矣。”帝然之，告武威太守勿受其使。
朗陵侯臧宫、扬虚侯马武上书曰：“匈奴贪利，无有礼信，穷则稽首，安则侵盗。虏今人畜疫死，旱蝗赤地，疲困乏力，不当中国一郡，万里死命，县在陛下。福不再来，时或易失，岂宜固守文德而堕武事乎！今命将临塞，厚县购赏，喻告高句骊、乌桓、鲜卑攻其左，发河西四郡、天水、陇西羌、胡击其右，如此，北虏之灭，不过数年。臣恐陛下仁恩不忍，谋臣狐疑，令万世刻石之功不立于圣世！”诏报曰：“黄石公记》曰：‘柔能制刚，弱能制强。舍近谋远者，劳而无功；舍远谋近者，逸而有终。故曰：务广地者荒，务广德者强，有其有者安，贪人有者残。残灭之政，虽成必败。’今国无善政，灾变不息，百姓惊惶，人不自保，而复欲远事边外乎！孔子曰：‘吾恐季孙之忧不在颛臾。’且北狄尚强，而屯田警备，传闻之事，恒多失实。诚能举下下之半以灭大寇，岂非至愿！苟非其时，不如息民。”自是诸将莫敢复言兵事者。
上问赵熹以久长之计，熹请遣诸王就国。冬，上始遣鲁王兴、齐王石就国。是岁，帝舅寿张恭侯樊宏薨。宏为人谦柔畏慎，每当朝会，辄迎期先到，俯伏待事；所上便宜，手自书写，毁削草本；公朝访逮，不敢众对。宗族染其化，未尝犯法。帝甚重之。及病困，遗令薄葬，一无所用。以为棺柩一藏，不宜复见，如有腐败，伤孝子之心，使与夫人同坟异藏。帝善其令，以书示百官，因曰：“今不顺寿张侯意，无以彰其德；且吾万岁之后，欲以为式。”
建武二十八年壬子，公元五二年春，正月，己巳，徙鲁王兴为北海王；以鲁益东海。帝以东海王强去就有礼，故优以大封，食二十九县，赐虎贲、旄头，设钟虡之乐，拟于乘舆。
夏，六月，丁卯，沛太后郭后薨。
初，马援兄子婿王磐，平阿侯仁之子也。王莽败，磐拥富赀为游侠，有名江、淮间。后游京师，与诸贵戚友善，援谓姊子曹训曰：“王氏，废姓也，子石当屏居自守，而反游京师长者，用气自行，多所陵折，其败必也。”后岁馀，磐坐事死；磐子肃复出入王侯邸第。时禁罔尚疏，诸王皆在京师，竞修名誉，招游士。马援谓司马吕种曰：“建武之元，名为天下重开，自今以往，海内日当安耳。但忧国家诸子并壮而旧防未立，若多通宾客，则大狱起矣。卿曹戒慎之！”至是，有上书告肃等受诛之家，为诸王宾客，虑因事生乱。会更始之子寿光侯鲤得幸于沛王，怨刘盆子，结客杀故式侯恭。帝怒，沛王坐系诏狱，三日乃得出。因诏郡县收捕诸王宾客，更相牵引，死者以千数；吕种亦与其祸，临命叹曰：“马将军诚神人也！”
秋，八月，戊寅，东海王强、沛王辅、楚王英、济南王康、淮阳王延始就国。