三清尊神的形象有一个历史过程。汉顺帝时，张道陵鹤鸣山创立五斗米道，尊“太上老君”为最高神。后来寇谦之改革天师道，亦以“太上老君”为最早最高尊神，但已经出现了“道德天尊”的名称，以今所见，“三清”的名称最早始见于南梁陶弘景所撰的《真灵位业图》。该书排列神仙序位，分为七个层次，每一层设一个中位。上第一中位，上合虚皇道君，应号元始天尊。第二中位，上清高圣太上玉晨元皇大道君。第三中位，太极金阀帝君，姓李，。第四中位，太清太上老君。上皇太上无上大道君。其中较为明显地提出了上清太清的名称，但“三清”之名位次序尚未确定，并且第三位为“金阀帝君”，太上老君却居于第四中位。以后“三清”神名逐渐流变发展，至唐代才成为定说。《道藏?太平部?三洞珠囊》卷七引《老君圣迹》云：“此即玉清境，元始天尊位，在三十五天之上也。此即上清境，太上大道君位，在三十四天之上也。太清境太极目，即太上老君位，在三十三之上也。”于是“三清”遂成为道教的最高神。
元始天尊
元始天尊，是道教最高神灵“三清”尊神之一，道教开天辟地之神，为上古盘古氏尊谓，称玉清元始天尊，也称原始天王。在“三清”之中位为最尊，也是道教神仙中的第一位尊神。《历代神仙通鉴》称他为“主持天界之祖”。他的地位虽然高，但出现却比太上老君要晚。道教形成初期并无“元始天尊”的说法，《太平经》《想尔注》等均无记载。在中国神话传说中，也无来历可寻。根据道书的记载：最早出现“元始”之名的是晋葛洪的《枕中书》书中记载：混沌未开之前，有天地之精，号“元始天王”，游于其中。后二仪化分，元始天王居天中心之上，仰吸天气，俯饮地泉。又经数劫，与太元玉女通气结精，生天皇西王母，天皇生地皇，地皇生人皇，其其后庖羲，神农皆苗裔也。并曰：“玄都玉京七宝山，在大罗之上，有上、中、下三宫。上宫是盘古真人、元始天王、太太圣母所牿。”此时，还只有元始天王的称呼。直到南朝时，梁陶弘景《真灵位业图》才始有“元始天尊”之号。该书第一阶中位神为“上台虚皇道君”，应号“元始天尊”，称“玉清境元始天尊”为主。但是书中又有一“元始天王”，列为第四中位左位第四神。《隋书.经籍志四》始喊予元始天尊以诸神特性，称他“生于太元之先”。认为“天尊之体，常存不灭，每到天地初开，授以秘道，谓开劫度人。然其开劫，非一度矣，故有延康、赤明、龙汉、开皇，是其年号，其问相距经四十亿万载，所度皆诸仙上品，有太上老君、太上丈人、天皇真人，五方五帝及诸仙官”。隋代道士为天尊取名为“乐静信”。隋唐之时，遂将古代神话传说中的盘古真地位而掀起的说法。表明道教信徒对元始天尊的信仰。
关于元始天尊的名称，《初学记》卷二三引《太玄真一本际经》解释说：“无宗无上，而独能为万物之始，故名元始。运道一切为极尊，而常处二清，出诸天上，故称天尊。”《历代神仙通鉴》说：“元者，本也。始者，初也，先天之气也。”认为元始是最初的本源，为一切神仙之上，故称“天尊”。根据道经的描述，元始天尊禀自然之气，存在于宇宙万物之前。他的本体常存不灭，即使天地全部毁灭，也丝毫影响不了他的存在。每当新的天地形成时，天尊就会降临人世间，传授秘道，开劫度人。所度者都是天仙上品，包括太上老君、天真皇人、五方天帝等神仙。每当新的天地开辟时，都有其年号，曰延康、赤明、龙汉、开皇等等，年号之间相距长达41亿万年。并且，元始天尊位居三十六天的最上层“大罗天”中，所居仙府称为“玄都玉京”。玉京之中，黄金铺地，玉石为阶，宫中有七宝、珍玉，仙王、仙公、仙卿、仙伯、仙大夫等居于中央和两旁的仙殿中，这种气派显然被人间帝王所效仿。
纵观元始天尊的演变过程，可以发现“元始”一词原是道家舒述世界本源的哲学用语，后来被道教加以神化，逐渐演变成道教的最高尊神，居于三清之首。从历史角度上考察，这与道家演变成道教的历史完全相吻合。
据《历代神仙通鉴》记载，元始天尊“顶负圆光，身披七十二色”，故供奉在道教三清大殿中的元始天尊，一般都头罩神光，手执红色丹丸，或者左手虚拈，右手虚捧，象征“天地未形，混沌未开，万物未生”时的“无极状态”和“混沌之时，阴阳未判”的第一大世纪，故以阳生阴降、昼短夜长的冬至日为元始天尊的圣诞。长期以来，元始天尊受到了上至帝王圣贤，下至民间菩男信女的虔诚崇拜。
灵宝天尊
灵宝天尊原称上清高圣太上玉晨元皇大道君。齐梁高道陶弘景编定的《真灵位业图》列其在第二神阶之中位，仅次于第一神阶中位之元始天尊。唐代时曾称为太上大道君，宋代起才称为灵宝天尊或灵宝君。
道经说他是在宇宙未形成之前，从混沌状态产生的元气所化生。原是“二晨之精气，九庆之紫烟”，后托胎三千七百年诞生，住在上清境的玄都玉京仙府，有金童、玉女各30万人侍卫，万神朝拜，超度之人不计其数。有三十六变七十二化，人们随时随地都可以见到他。
据《云笈七签》引《洞真大洞真经》，灵宝天尊系“玉晨之精气，九庆之紫烟，玉晖焕耀，金映流真，结化含秀，苞凝元神，寄胎母氏，育形为人”。《灵宝略记》则称“太上大道君以开皇元年托胎于西方绿那玉国，寄孕于洪氏之胞，凝神琼胎之府三千七百年，降诞于其国郁察山浮罗之岳丹玄之阿侧，名曰器度，字上开元。及其长，乃启悟道真，期心高道，坐于枯桑之下，精思百日而元始天尊下降，授灵宝大乘之法十部妙经”。
上清高圣太上玉晨大道君，自元始天尊处受经法以後，即辅佐元始天尊，居三十六天之第二高位上清境，在三十四天之上，治蕊珠日阙，管七映紫房，金童玉女各三十万侍卫。万神入拜，五德把符，上真侍晨，天皇抱图。
据《洞玄本行经》，灵宝天尊以灵宝之法，随世度人。自元始开光，至于赤明元年，经九千九百亿万劫，度人有如尘沙之众，不可胜量。凡遇有缘好学之人，请问疑难，灵宝天尊即不吝教诲。天尊有三十六变、七十二化，人欲见之，随感而应，千万处可分身即到。
道教宫观里的三清殿中，灵宝天尊常以手捧如意之像居元始天尊之左侧位,手持太极图或玉如意。。在道教大型斋醮礼仪中，也多设有三清神位，以灵宝天尊居元始天尊之左位。灵宝天尊之神诞日为夏至日，约在农历五月中。民间于夏至日之供奉常以灵宝天尊为主神。
道德天尊
道德天尊即太上老君，居“三清尊神”的第三位，是道教初期崇奉的至高神。原为春秋时思想家、道家学派创始人老子。东汉明帝、章帝之际（58～88），益州太守王阜作《老子圣母碑》云：“老子者，道也。乃生于无形之先，起于太初之前，行于太素之元，浮游六虚，出入幽冥，观混合之未别，窥浊清之未分。”将老子神化为先天地之神物，并与“道”相等同。顺帝时（126～144）张陵在巴蜀鹤鸣山创立五斗米道，即奉老子为教主。据传张陵在传教布道时作的《老子想尔注》称：“一者道也。……一在天地外，入在天地间，但往来人身中耳。……一散形为气，聚形为太上老君，常治昆仑，或言虚无，或言自然，或言无名，皆同一耳。”首次在道书中出现了太上老君的名号。至魏晋南北朝，太上老君之名益显。北周武帝建德三年五月“初断佛、道两教，经像悉毁，罢沙门、道士，并令还民”。据道书称，当时太上老君曾遣使显灵。时过一月，武帝即又下诏曰：“至道弘深，混成无际，体包空有，理极幽玄。……今可立通道观于都城……并宜弘阐，一以贯之。”说明当时已经开始利用太上老君干预朝政了。
至唐，太上老君之威灵更盛。他不仅被奉为李唐王朝的始祖，帮助唐高祖李渊平定天下，据称当武则天篡夺李唐王朝后，又显灵降世，谓“武后不可革命”，“不得辄立异姓。……武后亦终惧此言，不敢立武三思”。因此，天宝年间，玄宗最后为他上“大圣祖高上金阙玄元天皇大帝”尊号。宋大中祥符六年（1013）八月加号为“太上老君混元上德皇帝”。