是数者，杀人至惨，而不丽于法。踵而行之，至末造而极。举朝野命，一听之武夫、宦竖之手，良可叹也。”此卷记厂卫之事较详，史论甚佳。厂卫为明代刑法中之大事，洪武中行锦衣卫镇抚司狱，末年废罢，至永乐中复置，且立东厂。立东厂事实录中避而不述，是有所隐晦遮掩，《刑法志》颇予详述，此举甚当，亦补《职官志》之所难述。
《艺文志》四卷，出目录学名家黄虞稷之笔。黄虞稷撰有《千顷堂书目》，于目录之学甚为博知。《艺文志序》另出倪灿之手，文中申明本志体例，仅录有明一代名家著述，此与前史不同。“前史兼录古今载籍，以为皆其时柱下之所有也。明万历中，修撰焦竑修国史，辑《经籍志》，号称详博。然延阁广内之藏，竑亦无从遍览，则前代陈编，何凭记录，区区掇拾遗闻，冀以上承《隋志》，而赝书错列，徒滋讹舛。故今第就二百七十年各家著述，稍为厘次，勒成一志。凡卷数莫考、疑信未定者，宁阙而不详云。”
自《汉书·艺文志》、《隋书·经籍志》之修，搜罗历代图书，考其存亡，为目录学整理之大功业。《明史·艺文志》不采用此种修纂方法，专取有明一代之书，似简而实详，确是颇有用心者。然智者百虑，不免一失，如其著录邓名世《古今姓氏书辨证》四十卷，乃宋人之作，以其体例而论，必为误录之书。
《艺文志》四卷，依经、史、子、集排述。一曰经，共十类：《易》、《书》、《诗》、《礼》、《乐》、《春秋》、《孝经》、《诸经》、《四书》、《小学》。二曰史，共十类：正史、杂史、史钞、故事、职官、仪注、刑法、传记、地理、谱牒。三曰子，共十二类：儒家、杂家、农家、小说家、兵书、天文、历数、五行、艺术、类书、道家、释家。四曰集，共三类：别集、总集、文史。其经部收书目九百零五部，史部一千三百十六部，子部九百七十部，集部一千三百九十八部，共计收书四千五百八十九部。虽然并未能将有明一代图书尽收其中，仍不失为一大功绩，而为了解明代目录书籍之不可少者。
列传
基本沿旧史之体例，但亦有其创新之处。《四库全书总目》卷四六《明史》条提要中称：“列传从旧例者十三，创新例者三，曰《阉党》、曰《流贼》、曰《土司》。盖貂珰之祸，虽汉、唐以下皆有，而士大夫趋势附膻，则惟明人为最夥。其流毒天下，亦至酷。别为一传，所以著乱亡之源，不但示斧钺之诛也。闯、献二寇，至于亡明，剿抚之失，足为炯鉴，非他小丑之比，亦非割据群雄之比，故别立之。至于土司，古谓羁縻州也。不内不外，衅隙易萌。大抵多建置于元，而滋蔓于明。控驭之道，与牧民殊，与御敌国又殊，故自为一类焉。”应该说，创设《阉党》、《流贼》、《土司》三类传，确实符合于明史之实际情况，这与诸表中创设《七卿表》有异曲同工之处。明代宦官之干政，虽不及汉、唐诸朝有废立之举，但外廷士大夫屈膝卑颜于阉宦，而成一时之气焰，则为亘古未有。《阉党传》所列四十六人，属刘瑾党者七人，余皆魏忠贤之党。读《阉党传序》可知史馆诸人于明亡之鉴深痛而慨然。然而与《流贼传》相比，其感情又有所不同，所撰《流贼传序》自唐赛儿起义论起，直至李自成、张献忠之亡明，文称：“自唐赛儿以下，本末易竟，事具剿贼诸臣传中。独志其亡天下者，立《李自成、张献忠传》。”其中《李自成传》长达万余言，为《明史》诸传中之最长者。从修史者角度虽主要为后人之鉴，却因此而保留较为丰富的有关记载，而未采取分散于“剿贼”诸臣传中。
《明史》列传之体例采用类传形式，除以类分传外，于诸臣传中亦因类分卷，而未尽以父子及孙等为传。其方法即因事而分。如卷一二二有《郭子兴传》、《韩林儿传》、《刘福通传》，虽亦为明建国前群雄之列，而与群雄同明太祖朱元璋之关系不同，归为一卷。陈友谅、张士诚、方国珍、明玉珍合为一卷，扩廓、陈友定、把匝剌瓦尔密合为一卷。诸臣中，如徐达、常遇春单为一卷，是功臣亦有别而分立。史臣为建文帝遗臣列传颇详，甚至有传闻之人，能列立传者尽量立传，也是史臣寄托遗民之情的一种方式。
《明史》诸列传中，亦多见以事附传之体例。如卷一**《夏良胜传》，附同下诏狱者万潮、陈九川、张衍瑞、姜龙、徐鏊、姚继岩传，均连署进言谏止武宗南巡之人。卷二○六《马录传》附颜颐寿、聂贤、汤沐、刘琦、卢琼、沈汉、王科，均嘉靖中“李福达之狱”受牵之人。如隆庆中御史庞尚鹏疏中称：“据李同之狱，福达罪益彰，而当时流毒缙绅至四十余人，衣冠之祸，可谓惨烈。”此附传后史官评论中所引述，以为同事附传之由也。此类附传，于《明史》中不胜枚举。
《明史》列传中，《外国传》及《西域传》，反映了当时与境外国家及部落地区等的联系，保存了大量东南亚及中亚等地历史资料，是研究这些国家历史及中外关系史的较好参考资料。
在二十四史中，《明史》以编纂得体、材料翔实、叙事稳妥、行文简洁为史家所称道，是一部水平较高的史书。这反映出编者对史料的考订、史料的运用、对史事的贯通、对语言的驾驭能力都达到较高的水平。虽然它的篇幅在二十四史中仅次于《宋史》，但读者并不感到冗长而生厌。
《明史》尽管有较高的史料价值，又称“最为完善”之作。但它作为一部官修的正史，其缺点也是显而易见的。
例如：清人（後金）在建国之前曾臣服於明朝的事实，清入关之後南明诸朝廷（弘光、隆武、绍武、永历……）等长达20多年的历史，《明史》都隐讳未书。康熙皇帝原已批准将福王、唐王、鲁王、桂王附在思宗本纪内，而康熙五十年爆发了南山案後就被禁止写入了。
赵翼作《廿二史札记》，已对《明史》中的缺失有所评论，只是出于对官修正史的顾忌，未敢加贬斥之辞。近世史学家柴德赓教授曾经指出：“如‘周延儒之入奸臣传’一题下，应加‘不当’二字，才与内容符合，但却从略。‘刘基廖永忠等传’条，下未接‘疏舛’二字，‘乔允升刘之凤二传’下未接‘重复’二字，此正所谓其不敢贬斥者也。”1赵翼原文虽然委婉，《周延儒之入奸臣传》中亦云：“周延儒不过一庸相耳，以之入《奸臣传》，未免稍过。..此非以甚延儒之恶，转为延儒增其身份也。”《刘基廖永忠等传》一篇，则论其述史之不确。以朱元璋征陈友谅一役，《太祖纪》记：“戊戌，克安庆。壬寅，次湖口，败友谅于九江，克其城，友谅奔武昌。”《陈友谅传》所记略同。《廖永忠传》加至安庆，破其水寨，遂克安庆。总之皆称先克安庆，后克九江。而《刘基传》中却记，师攻安庆，自旦及暮不下，刘基请径趋江州，捣其巢穴。按此说则江州之陷前，安庆未克。所记不合。与此相类，《张玉传》记东昌之役，成祖被盛庸军包围，力战而出。张玉不知，突出阵中欲救成祖，力战而死。而《朱能传》却称，成祖被围，张玉力战而死，朱能率周长等力战，救成祖出。张玉究竟死于成祖突围前还是突围后，二传所记不合。事虽并非关键，但确为述史不严谨之失漏。
《明史·卓敬传》记卓敬之被杀，称成祖欲活之，但功臣姚广孝与卓敬有隙，从旁进言劝杀。此乃据明人野史杂传，考其史实，广孝实未从成祖之1柴德赓：《史籍举要》。
师入南京，亦无从谗杀卓敬。《明史》记建文遗臣之事，为表彰忠义，较多搜罗，野史传闻亦有所采用，难免有误。
四川廖麻子、曹甫起义，曹甫之被杀所记亦有抵牾之处。《洪钟传》记其为廖麻子所杀，《林俊传》则记曹为指挥李荫所擒杀。
《乔允升传》记崇祯皇帝在位十七年，刑部易尚书十七人，并一一列举易人之事。《刘凤之传》中亦有此段文字，并且一字不改照录于传中。此二传一在卷二五四，一在卷二五六，相隔只两卷，不及订正。“盖卷帙繁多，纂修诸臣不暇彼此参订也。”1至于书中此类错误不足之处更多不胜举，故史家多作考证文字。