一是以此宣告明朝已亡，而当时南京的弘光朝廷正与清朝隔江对抗，修《明史》便是不再承认弘光的南明政权存在。二是以此笼络明朝遗臣，通过纂修《明史》，使那些降清的明朝汉族官员有一种情感上的寄托。
从当时的形势来看，开馆修史的条件是根本不具备的。虽然到五月十五日（6日）清军攻入南京，南明弘光朝廷灭亡，五月二十八日（6月21日）清廷宣布“平定江南捷音”，但是实际上清军在江南遭到了军民的坚决抵抗，尤其是清廷公布“剃发令”后，更激起江南百姓的抵制。其中著名的战斗有阎应元领导的江阴保卫战，固守孤城达两月之久。
南明弘光政权覆灭后，明臣黄道周、郑芝龙等奉唐王朱聿键于福州建立了隆武政权；与此同时，张国维、张煌言等奉鲁王朱以海于绍兴监国；李自成农民起义军余部也与明总督何腾蛟结合抗清。到顺治三年（1646年），明臣苏观生等奉唐王朱聿键在广州建立了绍武政权，丁魁楚、瞿式耜等又拥立桂王朱由榔建立了永历政权。顺治六年（1649年），张献忠农民军余部在孙可望、李定国率领下，与南明永历政权结合，成为抗清主力之一。
在清军占据的北方各地，与南方抗清形势呼应，山东、山西、陕西、甘肃义师纷起，一些降清明朝将领也先后举旗抗清，在全国范围内，几次掀起抗清高潮。例如顺治九年（1652年）李定国率军收复宝庆、全州、桂林的战役，迫使清定南王孔有德自杀。顺治十年至十一年，明鲁王部下张名振、张煌言等率舟师攻入长江，直抵南京近郊；郑成功亦率水军攻克舟山。这样的抗清斗争，直到清康熙初年，南明永历帝被吴三桂所杀，郑成功、李定国先后去世，始告一段落。
在这样战火纷飞、政局未定的情况之下，要集中大量人力物力开馆修史，是根本不可能的。
清康熙八年（1669年），康熙皇帝拘禁权臣鳌拜，开始亲政。然而此时政局又有新的变化。康熙十二年（1673年），由于平南王尚可喜、平西王吴三桂和靖南王耿精忠撤藩而引发了“三藩之乱”，从此，又开始了长达八年之久的战乱。直到康熙二十年（1681年）十月，吴三桂之孙吴世璠自杀。“三藩之乱”期间，清廷集中全力平叛，仍然无暇顾及《明史》的修纂，因此，顺治二年（1645年）所下修纂《明史》的诏令，实际只是一纸空文，它的政策作用远远超出了它修史的作用。
《明史》修纂第一阶段无绩可言的另一方面原因，是史料的缺乏和人力的不足。当时不仅没有力量整理明朝的邸抄和档案，而且在征求图书时，献书者也极少，就连最基本的史料明代历朝实录也不完整，天启朝实录缺少七年以后部分，崇祯朝因亡国而无实录。如此种种，也限制了《明史》修纂工作的进展。
修纂第二阶段
直到“三藩之乱”基本平定之后，清廷才有力量集中人力物力正式动手修纂《明史》，其间已历时三十五年之久。真正动手修史，是康熙十八年以后的事。康熙十七年（1678年）诏征博学鸿儒，次年三月，试博学鸿儒一百四十三人于体仁阁，取一等二十人，二等三十二人，命纂修《明史》，从这时候起，正式动手修纂《明史》的第二阶段即告开始。
康熙年间修《明史》者，可谓人才济济。有当时的著名文学家朱彝尊、尤侗和毛奇龄等人。但出力最多的是清初著名史家万斯同。这里，应当提一提我国史学史的一段公案。原来，明清之际，有一些明朝遗臣和反清志士十分重视明史的研究。杰出思想家黄宗羲曾编《明文海》四百多卷，并著有《明史案》二百四十卷；顾炎武也辑存有关明朝史料一两千卷。清朝统治者入关后，为笼络明朝遗臣、社会名流，曾有意开博学鸿词科。黄、顾等人虽坚持不肯与清廷合作，但为着保存明朝真实史迹的目的，仍派出了得力助手参与明史的编纂。黄宗羲的得意弟子万斯同，便是当时被委派参加明史的编撰人之一。黄宗羲的儿子、顾炎武的外甥，也都参与其事。这样，就相应地保证了明史的质量。万斯同是一位出色的史学家。清初著名学者钱大昕曾评论他：“专意古学，博通诸史”，熟于明朝掌故，对自洪武至天启的“实录”，皆“能暗诵”，了如指掌。他先后编写和审定两种明史稿。各有三百和四百多卷。因此，可以说，《明史》的初稿，在万斯同时代已基本上完成了。万斯同死后，先后三次任明史总编的王鸿绪，把万氏的明史稿进行了改编，于康熙末年和雍正初年两次向皇帝进呈。这便是王氏《明史稿》本。王氏此举曾引起当时和后来文坛的非议和责难，史学家们一致认为王鸿绪实际上是掠夺了数十年来以万斯同等人为主力的几十个学者的劳动成果，属于剽窃行为。
修纂第三阶段
到雍正元年（1723年）正因为康熙十八年（1679年）博学鸿儒科及其修纂《明史》只是康熙皇帝的一种政治手段，所以其结果也必然会时重时轻，迁延时日，前后用了将近五十年时间，直到康熙皇帝病逝，雍正元年（1723年）仍然未能完成这部官修的前朝史。但是，这时的情况与顺治二年（1645年）下诏初修时已经大不相同。除了政局稳定，经济也逐渐恢复，到康熙后期更出现了繁荣盛世，这些都为《明史》的修纂工作提供了良好条件，无论从人力物力还是资料的征集方面，都是前所未有的。因此，这近五十年时间，虽然未能完成《明史》的修纂，但却是《明史》成书的关键阶段。我们今天所见《明史》之雏形便是在此时形成的。到雍正元年（1723年）为止，先后完成了四部《明史》的稿本。一种是万斯同审定的三百十三卷本，另一种是他审定的四百十六卷本，这两种稿本都被称作万氏《明史稿》。此外还有王鸿绪于康熙五十三年（1714年）进呈的《明史（列传部分）》二百零五卷本，这实际上是在万氏《明史稿》基础上删削而成的。到雍正元年（1723年）六月，王鸿绪又一次进呈《明史稿》，包括纪、志、表、传，共计三百十卷，这便是王氏《明史稿》，即后来刊刻的所谓《横云山人明史稿》。至乾隆四年（1739年），清政府又第三次组织人手修改明史稿，这才形成定稿的《明史》。因为这次修书总裁为张廷玉，因此现在通行的《明史》题为张廷玉等撰。
经过三次改稿，费时几十年。《明史》的确有不少长处。首先，它体例严谨，叙事清晰，文字简明，编排得当。史评家赵翼在《廿二史札记》中，曾将辽宋、金、元诸史和《明史》作了比较，认为“未有如《明史》之完善者”。其次，《明史》的史料较为丰富。当时可资的第一手史料很多，除一套完整的明朝各帝“实录”而外，尚有邸报、方志、文集和大量私家史乘。朱彝尊修史时《上总裁第二书》中说，仅各地的方志藏于国家图书馆者，即达三千余册之多。此外，如明人王世贞著述的《锦衣志》、《中官考》等，都对明朝特务统治和宦官之弊有系统地作了介绍。这些，都使明史的修撰者们较之各朝修官史者，有得天独厚的有利条件。
第三，《明史》有些地方持论公允，也能秉直书写。如对袁崇焕被清太宗设反间计杀害一事，以及熊廷弼的功罪问题的记载，都很有参考价值。第四，《明史》在体例上有新的创造，在列传中专列了“阉党”、“流贼”和“土司”三目。宦官专政为明朝一代历史的重大问题，《阉党传》记载了王振、刘瑾、魏忠贤等宦官党羽祸国殃民的罪行。《明史》的作者们对李自成、张献忠等农民起义领袖抱敌对和仇视的态度，在为他们立传的同时又诬之为“流贼”。这是作者的阶级立场所决定的，目的是为统治者总结经验：“至于亡明，剿抚之失，足为炯鉴。”
但客观上为后人保存了明末农民战争的某些可靠史料。《土司传》专写西南少数民族的情况，分湖广、四川、云南、贵州、广西五个土司传。这些传，虽坚持民族压迫的立场，对少数民族有许多污蔑之词，但其中保存了大量这一带少数民族的重要资料。今日国内少数民族的历史，大半可以追溯到明朝初年。