明太祖朱元璋为了巩固皇权，达到乾纲独断的目的，废止了实行两千多年的宰相制度，设立了内阁。可是，自从“仁宣之治”年间由“辅政三杨”而始，明朝就确立了真正意义上的内阁制度，皇上大可不必事必躬亲，甚至可以无能，可以任事不干，只要定下大方向，放手让内阁去干就不会有大问题，以至于可以出现“君昏于上，政清于下”的现象。如今也是如此，嘉靖新政各项政策已经出台，具体组织实施便是内阁之事，由他们督率六部等各大衙门并两京一十三省各地官府将其落到实处即可。
此外，半道出家的朱厚熜也懂得藏拙——别说是他，即便是已经当了二十一年皇帝的正版嘉靖，治国能力也无法与科举出身、历练官场几十年的内阁学士相比，更何况内阁还实行辅领导下的民主集中制，俗话说“三个臭皮匠，顶个诸葛亮”，诸葛亮是什么？不就是跟内阁辅职权差不多的宰相吗？那么多的优秀人才集思广益，唐宗宋祖复生也不敢刚愎自用地认为自己比整个内阁的治国才能还高！
因此，他将日常政务推给了司礼监和内阁六部，将自己主要的精力放在了军事上，还美其名曰“推行新政，军事先行。只有国家长治久安，才能集中精力搞经济建设。”这些话内阁诸位阁臣都听不大懂，但也没有人敢质疑皇上的话，只能任由他按着自己的想法去做了。
作为大明王朝的国家元，皇上每年要主持一系列礼仪庆典活动，其中自然少不了检阅军队。朱厚熜原本就是一个军事烧友，所以阅兵式比祭天地、祀祖宗，甚至包括册立嫔妃的仪式更让他感兴趣。好在嘉靖这些年虽然被丹药和女色掏空了身子，却也因此没有明朝皇帝特有的那让人惨不忍睹的圆球一样的体型，他还能勉强被几个内侍扶到马背上，穿着由皮条折缀而成，外镶宝石的全红色“皮弁服”，绕着校场走了一圈。
阅兵式让朱厚熜很满意，尤其是对御林军从军官到普通士卒身穿的精美甲胄和手持的精良武器更是赞不绝口，便亲切接见了内宫二十四衙门之一的兵仗局上下人等。可是问了之后才知道，他们只负责为大内侍卫和御林军打制甲胄和刀枪剑戟鞭斧弓矢等冷兵器，全**队的火器统一由工部下属的火器局制造，而军卒们的甲胄和刀枪一部分由工部兵仗局制造，一部分由各州县按照一定比例作为赋税的一部分上缴兵部武库司统一调配，一部分由各卫所自制。也就是说，作为泱泱中华赫赫天朝的国家武装力量，明军除了火器之外，压根就没有制式装备！
这不是在开玩笑吗？
朱厚熜根本就不信，就随机抽调了负责维持京城治安的五城兵马司的部队、兵部负责内部保卫的警卫士卒以及河道衙门的漕军会操，做了一个抽样调查。调查结果差点把他给气死——士兵手持的大刀长枪不仅式样不一致，就连分量和长度都不一样，而且装备不统一的现象不仅仅是在两个部队之间存在，在同一支部队里也存在。此外，士兵的甲胄很明显地分出了三个等级，第一等是兵部负责内部保卫的警卫士卒，因为近水楼台，得到了武库司提供的制式统一、质量上乘的甲胄；第二等是五城兵马司的部队，因在京城王公贵族、文武百官的眼皮子底下，还经常执行诸如戒严、为大员提供出行仪仗这样的礼仪任务，甲胄也比较统一，质量也还算可以；而河道衙门的漕军与前两等部队相比就惨不忍睹了，有的将士穿着铜甲或铁甲，有的是皮甲，更夸张的竟然还有纸甲，也就是说在被当作制式军服的棉布袄里衬以小铁片甚至厚纸板！这样的甲胄还谈什么防护能力？！
气愤不已的朱厚熜当即就召见了内阁有关阁员和户部尚书马宪成、兵部尚书丁汝夔和工部尚书林之诠，责令他们立刻改变明军现行的后勤供应体系，如果目前在粮饷供应体系方面改革的难度较大的话，至少应该在军事装备制造方面先行改革，朝廷应将工部兵仗、火器两局划归兵部，与兵部武库、车驾两司合并，组成一个专门成立负责全军装备制造的衙门，由兵部管辖，一定要为将士们提供规格统一、制作精良的制式装备，绝对不能再任凭这样粗制滥造的装备残害明军将士们的生命了。
夏言请示皇上如果要设立这个衙门，名称应叫什么为好。朱厚熜本来想说“总装备部”，但考虑到虽然不可能在大明王朝设立总政治部，但至少有机会设立总参谋部和总后勤部，还是尊重中国人民解放军的历史沿革，等设立了总参和总后以后再设立总装吧！因此，“兵工总署”就成了这个衙门的正式名称。
工部被划走了一大块权力也没有提出不同意见，但户部却很为难，因为各省府州县以现银代替原来供应兵器的赋税，需要户部匡算出相对准确的金额，列为财政年度政府预算收入之中。全国那么多的省府州县都需要匡算，这不是一天两天就能完成的事情。而且新成立一个衙门，还要开矿山，建皇上所说的那希奇古怪的“兵工厂”，所需经费至少在百万两银子以上，而嘉靖二十二年的财政预算已于二月二十三日御前财务会议审议通过，司礼监也已批红照准，如今执行了两个多月之后，突然又要增加这么大一块支出，他户部不会平空生银子，这笔开支又从何而来呢？
朱厚熜顿时火了：“你是户部尚书，这等事情却还要来问朕？事情都那么容易，朝廷养你们这些大臣何用？！”
马宪成却很有强项令的架势，亢声说：“凡事预则立，不予则废。户部打理国库，依岁入编制预算，方可保证财政正常运转。可若是各部都不按年初所报预算开支，那么朝廷只有寅吃卯粮，而卯粮吃完之后，却不知又有什么可吃！”
这句话还把朱厚熜给噎住了——马宪成的话虽然在说六部，其实还是说他这个皇上。